Under istidene grov isbreane ut sunda etter eldgamle sprekkar og forkastingar med svakare berg enn fjellet omkring. Sprekkane og forkastingane er av same slaget og har same retning som sund og dalar i store delar av Sunnhordland. Stokksundet mellom Stord og Bømlo, og Langenuen mellom Stord og Tysnes, vart til på same viset som sunda i Fitjar.
Fjellet sprakk opp langs sør-søraust- til nord-nordvestretninga alt i silurtida. Nokre få av dei smale spaltene vart då fylte med oppsmelta bergmassar som størkna som granitt. Geologane kallar størkningsbergartane i slike spalter gangar. Nokre av granittgangane inneheld store, fine flak av mørk glimmer (biotitt). Mange stader i Sunnhordland kan ein visa at det var rørsle langs desse forkastingane seinare òg, både i perm og i trias. Då trengde det opp ny steinsmelte som vart til diabasgangar. Det finst eit døme på slike gangar på nordvestsida av Vassøy vest for Trollosen, og truleg ein god del fleire under vatn i sunda. Men det er granittgangane som er lettast å sjå.
Landskapet over og under vassflata i området der Fitjarøyane ligg, er ein del av strandflata. Strandflata i Fitjarøyane er ikkje heilt jamn, men toppen av øyane har om lag same høgd (50–70 meter). Unntaket er den største øya, Fonno, som er noko høgare. Det er ofte bratte skråningar eller små stup ned mot sjøen. Skråningane følgjer flater der fjellet ein gong sprakk opp. Det ureine farvatnet med grunnar, båar og skjer er òg ein del av strandflata. Dei største sunda er så djupe at dei utgjer trygge seglingsleier.