Den mest produktive skogen ligg nedst i dalen. Som venteleg er han påverka av hogst og granplanting. Men innanfor den gamle setra finn vi skog som har utvikla seg meir fritt. I den varme lia som vender mot sørvest, veks rik lauvskog med ask, alm og hassel. Sjølv om lokalklimaet er gunstig oppunder den bratte fjellsida, manglar rein edellauvskog, fordi det er for lite næring i jorda på det granittiske berget.
Gråor er vorte meir vanleg i Ænesdalen etter at ein slutta med stølsdrift. Gråorskog finst på tidlegare opne grasmarker, men mange grastypar fortel framleis at her har vore beiting. I den flate dalbotnen omkring stølen dekkjer gråorskogen eit stort areal, og han trivst godt på elvesletta mellom meandersvingane. Her blir skogen sett under vatn ved høg vassføring,men gråor toler flaumen godt.
Furu trivst derimot ikkje på flaumpåverka elvesletter.Det går derfor eit skarpt skilje mellom gråorskog i den flate dalbotnen og furuskog ovanfor. Furuskogen dekkjer ein stor del av Ænesdalen.Vegetasjonen er her ofte einsformig, med blåbær og annan lyng. Innover i dalen blir furuskogen meir og meir oppblanda med bjørk. Den meir hardføre bjørka går høgare til fjells, sidan ho stiller mindre krav til sommarvarme.I bjørkeskogen veks det mange lyngartar som er felles med furuskogen, ofte med bregnar og nokre fjellplanter i tillegg. Skoggrensa, øvste grensa for bjørkeskogen, ligg på om lag 700 moh. i Ænesdalen.
Innafor Vatnastølsvatnet er det lite skog, sjølv om områda her ligg under 500 moh. Beiting kan vera ei forklaring på dette, eller det kan tenkjast at mykje snø utover våren gir for korte somrar til at bjørka kan veksa opp. Inst i Ænesdalen er det lite vegetasjon, fordi berre nokre få planter toler dei store snømengdene. Musøyre er ei slik plante som trivst godt, mellom anna fordi ho slepp å kjempa med andre planter om plassen. Her finst det òg einskilde andre snøleieplanter, slik som brearve og stjernesildre. Dei har tilpassa seg forholda nær evig snø og is. På stader der bakken ikkje smeltar fram kvar sommar, er det berre mosen som klarar seg.
Frå dei bratte, høge fjellsidene går det snøskred, som legg att store snøfenner i delar av dalsida. Her er det ein flora av artar som krev mykje lys, til dømes fjellsmelle, engkall og torskemunn.I rasmark veks bregnen hestespreng i store mengder.Nokre stader i Ænesdalen inneheld rasmarka mykje steinblokker etter at litt av den bratte fjellsida har losna og har rasa gjennom skogen. Blokkene kan ha ein imponerande storleik, svære som hus.
