Demningane syter for at vatnet i elva blir halde attende i grunne terskelbasseng. I Eksingedalen har det vore forska mykje på den biologiske effekten av dette tiltaket. Det var særleg terskelbassenget ved Ekse, 560 moh., som vart grundig overvakt. Med jamne mellomrom blir vatnet hausta for småaure for å unngå for mykje fisk. Terskelsjøane er slik eit slags «oppdrettsanlegg » for pålagde aureutsetjingar i magasin der den naturlege formeiringa blir hindra av kraftreguleringane.
Vasskvaliteten er god og vatnet mindre surt i dei øvre delane av vassdraget, ettersom det mellom anna er fyllitt og glimmerskifer i berggrunnen der vatnet kjem frå. Lenger nede i vassdraget er fjellet hardare og bufferevna mot forsuring dårlegare. Uheldigvis for levande liv i Ekso vart mykje av nettopp det beste vatnet ført ut frå vassdraget i 1970-åra. 38 % av det naturlege nedbørsfeltet vart overført til Vosso.
Seinare, i 1987, vart òg dei nedre delane av vassdraget regulerte. Myster kraftverk tek no vatn mellom anna frå Nesvatnet. I periodar, når all tilrenninga til Nesvatnet går gjennom tunnel til kraftverket, er vatnet på elvestrekninga mellom Nesvatnet og utsleppet frå kraftverket dominert av dei små sideelvane. I sideelvane er vasskvaliteten vesentleg dårlegare enn i Ekso ovanfor Nesvatnet, somme stader med pH-verdi heilt ned mot 5,0 i periodar. Sidan 1997 har derfor den nedre delen av Ekso vore kalka.
Ein del andre vatn og vassdrag i Vaksdal har vore påverka av forsuring og har fått tilført kalk. I 2001 vart 21 innlandsvatn i kommunen kalka. Ingen andre kommunar i Hordaland har fått så mykje midlar til kalking som Vaksdal dei seinare åra.
