St. Jørgens hospital nevnes første gang i 1411 og ble trolig bygget som hospital for bl.a. spedalske. De eldre bygningene ble ødelagt i bybrannen i 1702. Kirken ble gjenoppbygget i 1707. Hospitalet ble også gjenreist og ombygget i 1745 og 1754. Byggene ligger i en lukket firkant, med Hospitalkirken i øst, to sykehusbygninger i sør, klokkerbolig i nord og uthus i vest.
St. Jørgens fungerte som hospital til i 1946 da de to siste leprapasientene døde. Hele anlegget ble fredet i 1927 og rehabilitert i løpet av de senere tiår av arkitektene J. L. Andersen og K. H. Irgens.
St. Jørgens hospital er nå Lepramuseum.